Die Roshan Afghan Premier League 2016 war die fünfte Spielzeit der höchsten afghanischen Fußball-Spielklasse der Herren. Amtierender Titelverteidiger war De Spinghar Bazan. Die Saison begann am 25. August 2016 mit dem Spiel De Spinghar Bazan gegen Simorgh Alborz (2:2) und endete mit dem Finale am 30. September. Meister wurde zum dritten Mal Shaheen Asmayee. Erstmals in der Geschichte der afghanischen Liga qualifizierte sich eine Mannschaft für den internationalen Wettbewerb.
Der Modus hat sich seit 2013 nicht mehr verändert; nach einer Gruppenphase mit 2 Gruppen à vier Mannschaften treffen die Gruppenersten und -zweiten im Halbfinale aufeinander, wo nach Hin- und Rückspiel die Finalteilnehmer ermittelt werden. Der Sieger des Finals ist der APL-Champion 2015. Die Mannschaften wurden in regionalen Turnieren ausgespielt, wo dann eine Expertengruppe die besten Spieler auswählte. Im Gegensatz zum Vorjahr wurden nun 26 statt zuvor nur 21 Spieler in die Kader gewählt.
Es gibt zwei Gruppen mit je vier Teilnehmern. Innerhalb jeder Gruppe spielt jede Mannschaft gegen jede andere Mannschaft. Die jeweils ersten beiden Mannschaften qualifizierten sich für das Halbfinale. Die Platzierung der Mannschaften in den Vorrundengruppen ergibt sich dabei in folgender Reihenfolge: