PAR-CLIP

PAR-CLIP (engl. Photoactivatable-Ribonucleoside-Enhanced Crosslinking and Immunoprecipitation, ‚Quervernetzung und Immunpräzipitation mit photoaktivierbaren Ribonukleotiden‘) ist eine Methode der Biochemie zur Bestimmung von Protein-RNA-Interaktionen.^[1] Solche Interaktionen finden z. B. bei Ribonukleoproteinen und Mikro-RNA-enthaltenden Proteinkomplexen statt.

Prinzip

Die PAR-CLIP besteht aus einer Kombination einer UV-Quervernetzung, einer Immunpräzipitation, einer teilweisen Nukleolyse, einer RT-PCR und einer DNA-Sequenzierung im Hochdurchsatz. Die PAR-CLIP verwendet einen Einbau der UV-reaktiven Nukleosid-Analoga 4-Thiouridin (4-SU) und 6-Thioguanosin (6-SG) in vivo. Eine Bestrahlung der Zellen mit einer Wellenlänge von 365 nm führt zu einer Vernetzung mit den interagierenden Proteinen. Anschließend erfolgt eine Immunopräzipitation anhand des bekannten Proteins und eine RT-PCR der isolierten RNA. Die DNA-Sequenzen der erzeugten cDNA wird durch DNA-Sequenzierungen bestimmt.^[1]^[2]

Die PAR-CLIP besitzt Ähnlichkeiten zur CLIP-Seq und zur iCLIP, welche ohne Nukleosid-Analoga auskommen. Der RIP-Chip verwendet einen Microarray anstatt der RT-PCR und der DNA-Sequenzierung. Die ChIP-Seq dient zur Untersuchung von Protein-DNA-Interaktionen und der ChIP-on-Chip dient zur Untersuchung von Protein-DNA-Interaktionen mit einem Microarray anstatt der DNA-Sequenzierung.

Weblinks

starBase database: eine Online-Datenbank für RNA-Protein-Interaktionen. Abgerufen am 20. Juni 2013.
BIMSB doRiNA database: eine Online-Datenbank für RNA-Protein-Interaktionen. Abgerufen am 20. Juni 2013.

Einzelnachweise

↑ ^a ^b Hafner M, Landthaler M, Burger L, Khorshid M, Hausser J, Berninger P, Rothballer A, Ascano M Jr, Jungkamp AC, Munschauer M, Ulrich A, Wardle GS, Dewell S, Zavolan M, Tuschl T.: Transcriptome-wide identification of RNA-binding protein and microRNA target sites by PAR-CLIP. In: Cell. 141. Jahrgang, Nr. 1, 2010, S. 129–141, doi:10.1016/j.cell.2010.03.009, PMID 20371350, PMC 2861495 (freier Volltext).
↑ M. Hafner, M. Landthaler, L. Burger, M. Khorshid, J. Hausser, P. Berninger, A. Rothballer, M. Ascano, A. C. Jungkamp, M. Munschauer, A. Ulrich, G. S. Wardle, S. Dewell, M. Zavolan, T. Tuschl: PAR-CliP--a method to identify transcriptome-wide the binding sites of RNA binding proteins. In: J Vis Exp. (2010), Band 41. doi:pii: 2034. 10.3791/2034. PMID 20644507; PMC 3156069 (freier Volltext).

[pmid20371350-1] Hafner M, Landthaler M, Burger L, Khorshid M, Hausser J, Berninger P, Rothballer A, Ascano M Jr, Jungkamp AC, Munschauer M, Ulrich A, Wardle GS, Dewell S, Zavolan M, Tuschl T.: Transcriptome-wide identification of RNA-binding protein and microRNA target sites by PAR-CLIP. In: Cell. 141. Jahrgang, Nr. 1, 2010, S. 129–141, doi:10.1016/j.cell.2010.03.009, PMID 20371350, PMC 2861495 (freier Volltext).

[2] M. Hafner, M. Landthaler, L. Burger, M. Khorshid, J. Hausser, P. Berninger, A. Rothballer, M. Ascano, A. C. Jungkamp, M. Munschauer, A. Ulrich, G. S. Wardle, S. Dewell, M. Zavolan, T. Tuschl: PAR-CliP--a method to identify transcriptome-wide the binding sites of RNA binding proteins. In: J Vis Exp. (2010), Band 41. doi:pii: 2034. 10.3791/2034. PMID 20644507; PMC 3156069 (freier Volltext).

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