Schitoviridae (Aussprache italienisch: ‚Skito‘-) ist die Bezeichnung für eine 2021 vom International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) neu eingerichtete Familie von Viren mit sog. Kopf-Schwanz-Aufbau (Ordnung Caudovirales).[3][4][5]
Schitoviridae | ||||||||||||||
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Schemazeichnung eines Virions des Enterobacteria-Phagen N4 | ||||||||||||||
Systematik | ||||||||||||||
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Taxonomische Merkmale | ||||||||||||||
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Wissenschaftlicher Name | ||||||||||||||
Schitoviridae | ||||||||||||||
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Die Mitglieder der Familie Schitoviridae sind Bakterienviren (Bakteriophagen), ihre Wirte gehören zu den Proteobakterien.
Etymologie
BearbeitenDie Familie wurde zu Ehren von Gian Carlo Schito (alias Giancarlo Schito, * 22. August 1935 in Sanremo, Italien) benannt,[3] einem italienischen Mikrobiologen (Bakteriologen und Phagenforscher) an der University of Genoa Medical School. Er isolierte als erster den Escherichia-Phagen N4 (Gattung Enquatrovirus, Unterfamilie Enquatrovirinae), der lange Zeit vom Genom her ein „Waisenkind“ ohne nähere bekannte Verwandten war.[3]
Beschreibung
BearbeitenMorphologie
BearbeitenDie Virionen (Viruspartikel) der Schitoviridae sind vom Morphotyp der Podoviren innerhalb der Klasse Caudoviricetes: Kopf-Schwanz-Aufbau mit kurzer Schwanzstruktur und einen ikosaedrischen Kopf, 50 bis 70 nm im Durchmesser. Der kurze Schwanz ist 10 bis 40 nm lang.[3]
Genom und Proteom
BearbeitenDas Genom der Schitoviridae ist ein lineares Doppelstrang-DNA-Molekül (dsDNA), die Länge liegt meist zwischen 59 und 79 kbp (Kilobasenpaaren). Die lineare dsDNA ist terminal redundant: sie trägt terminale Repeats von ca. 300-2000 bp (LTRs). Insgesamt gibt es im Genom zwei RNA-Polymerase-Gene im Genom-Bereich für frühe (d. h. früh nach der Infektion exprimierte) Gene. Darunter befindet sich ein Gen für eine große Virion-assoziierte RNA-Polymerase. Die Replikation erfolgt aufgrund einer phagenkodierten DNA-Polymerase. Bei einigen Mitgliedern hat man tRNAs identifiziert.[3]
Wirte
BearbeitenDie natürlichen Wirte der Schitoviridae finden sich unter den Proteobacteria, genauer den Alpha-, Beta- und Gammaproteobacteria; Beispiele für Wirtsgattungen sind Roseobacter, Achromobacter, Escherichia und Pseudomonas.[3]
Systematik
BearbeitenInnere Systematik
BearbeitenDie Familie Schitoviridae setzt sich gemäß ICTV mit Stand Juni 2024 wie folgt zusammen:[7][8][3]
Familie Schitoviridae
- Unterfamilie Demetervirinae
- Gattung Acanvirus
- Spezies Acanvirus Rheph16 mit Rhizobium phage RHEph16
- Spezies Acanvirus Rheph22 mit Rhizobium phage RHEph22
- Spezies Acanvirus Y26 mit Rhizobium phage RHph_Y2_6
- Spezies Acanvirus Y38 mit Rhizobium phage RHph_Y38
- Gattung Cyamitesvirus
- Spezies Cyamitesvirus I16 mit Rhizobium phage RHph_I1_6
- Spezies Cyamitesvirus N38 mit Rhizobium phage RHph_N38
- Gattung Acanvirus
- Unterfamilie Enquatrovirinae
- Gattung Enquatrovirus (veraltet N4virus, N4-ähnliche Viren)[9]
- Spezies Enquatrovirus N4 (Escherichia-Virus N4, monotypisch) mit Escherichia phage N4 (Escherichia-Phage N4, Referenz: „Exemplar“)
- Gattung Gamaleyavirus (veraltet G7cvirus, 14 Spezies)
- Spezies Gamaleyavirus G7C (Escherichia-Virus G7C) mit Escherichia phage vB_EcoP_G7C
- Spezies Gamaleyavirus Sb1 (Shigella-Virus Sb1) mit Shigella phage pSb-1
- Spezies Gamaleyavirus St11ph5 mit Escherichia phage St11Ph5
- Spezies …
- Gattung Kaypoctavirus
- Spezies Kaypoctavirus KP8 (Klebsiella-Virus KP8) mit Klebsiella phage KP8
- Gattung Moovirus
- Spezies Moovirus moo mit Shigella virus Moo19
- Gattung Enquatrovirus (veraltet N4virus, N4-ähnliche Viren)[9]
- Unterfamilie Erskinevirinae
- Gattung Johnsonvirus (veraltet Ea92virus)
- Spezies Johnsonvirus Ea92 (Erwinia-Virus Ea9-2) mit Erwinia phage Ea9-2
- Spezies Johnsonvirus frozen (Erwinia-Virus Frozen) mit Erwinia phage vB_EamP_Frozen
- Gattung Yonginvirus
- Spezies Yonginvirus EaP8 (Erwinia-Virus phiEaP8) mit Erwinia phage phiEaP8
- Gattung Johnsonvirus (veraltet Ea92virus)
- Unterfamilie Fuhrmanvirinae
- Gattung Matsuvirus
- Spezies Matsuvirus pYD6A (Pseudoalteromonas-Virus pYD6A) mit Pseudoalteromonas phage pYD6-A
- Gattung Stoningtonvirus
- Spezies Stoningtonvirus VBP47 (Vibrio-Virus VBP47) mit Vibrio phage VBP47
- Gattung Matsuvirus
- Unterfamilie Humphriesvirinae
- Gattung Ithacavirus (veraltet Sp58virus)
- Spezies Ithacavirus SP058 (Salmonella-Virus FSL SP-058) mit Salmonella phage FSL SP-058
- Spezies Ithacavirus SP076 (Salmonella-Virus FSL SP-076) mit Salmonella phage FSL SP-076
- Gattung Pollockvirus
- Spezies Pollockvirus pollock (Escherichia-Virus Pollock) mit Escherichia phage Pollock
- Gattung Pylasvirus
- Spezies Pylasvirus KpCHEMY26 (Klebsiella-Virus KpCHEMY26) mit Klebsiella phage KpCHEMY26
- Spezies Pylasvirus pylas (Klebsiella-Virus Pylas) mit Klebsiella phage Pylas
- Gattung Ithacavirus (veraltet Sp58virus)
- Unterfamilie Migulavirinae
- Gattung Litunavirus (veraltet Lit1virus)
- Spezies Litunavirus Ab09 mit Pseudomonas phage vB_PaeP_C2-10_Ab09
- Spezies Litunavirus LIT1 (Pseudomonas-Virus LIT1) mit Pseudomonas phage LIT1[10]
- Spezies Litunavirus Mag4 mit Pseudomonas phage vB_PaeP_MAG4
- Spezies Litunavirus P121 mit Pseudomonas phage vB_PaeP_TUMS_P121
- Spezies Litunavirus PA26 mit Pseudomonas phage PA26
- Spezies Litunavirus Pae575p3 mit Pseudomonas phage vB_Pae575P-3
- Spezies Litunavirus Pap02 mit Pseudomonas phage PAP02
- Spezies Litunavirus Vl1 mit Pseudomonas phage VB_PaeS_VL1
- Spezies Litunavirus Yh6 mit Pseudomonas phage YH6
- Gattung Luzseptimavirus (veraltet Luz7virus)
- Spezies Luzseptimavirus KPP21 mit Pseudomonas phage KPP21
- Spezies Luzseptimavirus LUZ7 (Pseudomonas-Virus LUZ7) mit Pseudomonas phage LUZ7
- Gattung Litunavirus (veraltet Lit1virus)
- Unterfamilie Pontosvirinae
- Gattung Dorisvirus
- Spezies Dorisvirus 49B3 (Vibrio-Virus 49B3) mit Vibrio phage 1.097.O._10N.286.49.B3
- Gattung Galateavirus
- Spezies Galateavirus PVA5 (Vibrio-Virus PVA5) mit Vibrio phage vB_VspP_pVa5
- Gattung Nahantvirus
- Spezies Nahantvirus 49C7 (Vibrio-Virus 49C7) mit Vibrio phage 1.026.O._10N.222.49.C7
- Gattung Dorisvirus
- Unterfamilie Rhodovirinae
- Gattung Aoqinvirus
- Spezies Aoqinvirus RD1410W101 (Roseobacter-Virus RD1410W1-01) mit Roseobacter phage RD-1410W1-01
- Gattung Aorunvirus
- Gattung Baltimorevirus (veraltet Dfl12virus)
- Spezies Baltimorevirus DFL12 (Dinoroseobacter-Virus DFL12) mit Dinoroseobacter phage DFL12phi1
- Gattung Gonggongvirus
- Spezies Gonggongvirus R7l mit Dinoroseobacter phage vB_DshP-R7L
- Gattung Plymouthvirus
- Gattung Pomeroyivirus
- Spezies Pomeroyivirus V13 (Ruegeria-Virus V13) mit Ruegeria phage vB_RpoP-V13
- Gattung Raunefjordenvirus
- Gattung Sanyabayvirus
- Spezies Sanyabayvirus DS1410Ws06 (Dinoroseobacter-Virus DS1410Ws06) mit Dinoroseobacter phage DS-1410Ws-06
- Gattung Aoqinvirus
- Unterfamilie Rothmandenesvirinae
- Gattung Dongdastvirus
- Spezies Dongdastvirus Axp3 (Achromobacter-Virus phiAxp3) mit Achromobacter phage phiAxp-3
- Spezies Dongdastvirus Axy04 mit Achromobacter phage vB_AxyP_19-32_Axy04
- Spezies Dongdastvirus Axy12 mit Achromobacter phage vB_AxyP_19-32_Axy12
- Spezies Dongdastvirus Axy24 mit Achromobacter phage vB_AxyP_19-32_Axy24
- Gattung Inbricusvirus
- Spezies Inbricusvirus inbricus (Pseudomonas-Virus inbricus) mit Pseudomonas phage inbricus
- Gattung Jwalphavirus
- Spezies Jwalphavirus jwalpha (Achromobacter-Virus JWAlpha) mit Achromobacter phage JWAlpha und Achromobacter phage JWDelta[13]
- Gattung Pourcelvirus
- Spezies Pourcelvirus Axy10 (Achromobacter-Virus Axy10) mit Achromobacter phage vB_AxyP_19-32_Axy10
- Spezies Pourcelvirus Axy11 (Achromobacter-Virus Axy11) mit Achromobacter phage vB_AxyP_19-32_Axy11
- Gattung Dongdastvirus
- Unterfamilie nicht zugewiesen:
- Gattung Cavevirus
- Spezies Cavevirus C121 mit Stenotrophomonas phage C121
- Gattung Cbunavirus
- Spezies Cbunavirus A41 mit Pectobacterium phage phiA41
- Spezies Cbunavirus CB1 (Pectobacterium-Virus CB1) mit Pectobacterium phage vB_PatP_CB1
- Spezies Cbunavirus CB4 (Pectobacterium-Virus CB4) mit Pectobacterium phage vB_PatP_CB4
- Spezies Cbunavirus Kc283 mit Kosakonia phage Kc283
- Spezies Cbunavirus nepra (Pectobacterium-Virus Nepra) mit Pectobacterium phage Nepra
- Spezies Cbunavirus possum mit Pectobacterium phage Possum
- Gattung Dendoorenvirus
- Spezies Dendoorenvirus RG2014 (Delftia-Virus RG2014) mit Delftia phage RG-2014
- Gattung Eceepunavirus
- Spezies Eceepunavirus EcP1 (Enterobacter-Virus EcP1) mit Enterobacter phage EcP1
- Gattung Efbeekayvirus
- Spezies Efbeekayvirus Fbkp27 mit Klebsiella phage vB_KpP_FBKp27
- Spezies Efbeekayvirus P184 mit Klebsiella phage vB_KpnP_P184
- Gattung Electravirus
- Spezies Electravirus Sbp1 mit Vibrio virus vB_VspP_SBP1
- Gattung Exceevirus
- Spezies Exceevirus Xc38 mit Acinetobacter phage VB_ApiP_XC38
- Gattung Huelvavirus
- Spezies Huelvavirus ort11 (Sinorhizobium-Virus ort11) mit Sinorhizobium phage ort11
- Gattung Littlefixvirus
- Spezies Littlefixvirus 98Pflur60pp mit Pseudomonas phage 98PfluR60PP
- Spezies Littlefixvirus littlefix (Pseudomonas-Virus Littlefix) mit Pseudomonas phage Littlefix
- Gattung Mukerjeevirus
- Spezies Mukerjeevirus mv48B1 (Vibrio-Virus 48B1) mit Vibrio phage 1.224.A._10N.261.48.B1
- Spezies Mukerjeevirus mv51A6 (Vibrio-Virus 51A6) mit Vibrio phage 1.188.A._10N.286.51.A6
- Spezies Mukerjeevirus mv51A7 (Vibrio-Virus 51A7) mit Vibrio phage 1.261.O._10N.286.51.A7
- Spezies Mukerjeevirus mv52B1 (Vibrio-Virus 52B1) mit Vibrio phage 1.169.O._10N.261.52.B1
- Gattung Oliverunavirus
- Spezies Oliverunavirus OLIVR1 mit Agrobacterium phage OLIVR1
- Gattung Pacinivirus
- Spezies Pacinivirus phi1 (Vibrio-Virus phi1) mit Vibrio phage phi 1 alias Vibrio cholerae phage phi 1
- Spezies Pacinivirus VCO139 (Vibrio-Virus VCO139) mit Vibrio phage VCO139 und Vibrio phage JA-1
- Gattung Pariacacavirus
- Spezies Pariacacavirus 1245O mit Vibrio phage 1.245.O._10N.261.54.C7
- Gattung Penintadodekavirus
- Spezies Penintadodekavirus 5012 mit Vibrio phage phi50-12
- Gattung Petruschkyvirus
- Spezies Petruschkyvirus QDWS595 mit Alcaligenes phage vB_Af_QDWS595
- Gattung Philippevirus
- Spezies Philippevirus philippe mit Stenotrophomonas phage Philippe
- Gattung Pokkenvirus
- Spezies Pokkenvirus paxi mit Stenotrophomonas phage Paxi
- Spezies Pokkenvirus piffle mit Stenotrophomonas phage Piffle
- Spezies Pokkenvirus pokken (Stenotrophomonas-Virus Pokken) mit Stenotrophomonas phage Pokken
- Gattung Presleyvirus
- Spezies Presleyvirus presley (Acinetobacter-Virus Presley) mit Acinetobacter phage Presley
- Gattung Riverridervirus
- Spezies Riverridervirus riverrider (Xanthomonas-Virus RiverRider) mit Xanthomonas phage RiverRider
- Gattung Shizishanvirus
- Spezies Shizishanvirus phCDa (Pseudomonas-Virus phCDa) mit Pseudomonas phage phCDa
- Gattung Triduovirus
- Spezies Triduovirus Tr2 mit Salmonella phage vB_SalP_TR2
- Gattung Varunavirus
- Spezies Varunavirus BUCT194 mit Vibrio phage BUCT194
- Gattung Vicoquintavirus
- Spezies Vicoquintavirus Pvco5 mit Vibrio phage pVco-5
- Gattung Waedenswilvirus
- Spezies Waedenswilvirus S6 ('Erwinia-Virus S6) mit Erwinia phage vB_EamP-S6
- Gattung Xoxocotlavirus
- Spezies Xoxocotlavirus X228B mit Rhizobium phage RHph_X2_28B
- Gattung Zicotriavirus
- Spezies Zicotriavirus ZC03 (Pseudomonas-Virus ZC03) mit Pseudomonas phage ZC03
- Spezies Zicotriavirus ZC08 (Pseudomonas-Virus ZC08) mit Pseudomonas phage ZC08
- Gattung Zurivirus
- Spezies Zurivirus zuri (Pseudomonas-Virus Zuri) mit Pseudomonas phage Zuri
- Gattung Cavevirus
Äußere Systematik
BearbeitenDie Mitglieder der vorgeschlagenen Gattung „Alteavirus“ weisen größere Genome von etwa 104 kbp auf als die Schitoviridae; sie werden als verwandt, aber nicht als Mitglieder der Familie angesehen. Sie bilden daher augenscheinlich die Schwesterklade der Schitoviridae (siehe Vorschlag an das ICTV, „ViPTree analysis“):[3]
- Gattung „Alteavirus“
- Spezies „Alteromonas-Phage vB_Amap_AD45-P1“ (en. „Alteromonas phage vB_Amap_AD45-P1“)[14]
- Spezies „Alteromonas-Phage vB_Amap_AD45-P2“ (en. „Alteromonas phage vB_Amap_AD45-P2“)[15]
- Spezies „Alteromonas-Phage vB_Amap_AD45-P3“ (en. „Alteromonas phage vB_Amap_AD45-P3“)[16]
- Spezies „Alteromonas-Phage vB_Amap_AD45-P4“ (en. „Alteromonas phage vB_Amap_AD45-P4“)[17]
- Gattung „Alteavirus“
Literatur
Bearbeiten- Haruo Ohmori, Lynne L. Haynes, Lucia B. Rothman-Denes: Structure of the ends of the coliphage N4 genome. In: J Mol Biol. Band 202, 5. Juli 1988, S. 1–10. PMID 3172206, doi:10.1016/0022-2836(88)90512-8.
- Johannes Wittmann, Brigitte Dreiseikelmann, Manfred Rohde, Jan P. Meier-Kolthoff, Boyke Bunk, Christine Rohde: First genome sequences of Achromobacter phages reveal new members of the N4 family. In: Virol J. Band 11, 27. Januar 2014, S. 14. PMID 24468270, PMC 3915230 (freier Volltext), doi:10.1186/1743-422X-11-14.
- Derrick E. Fouts, Jochen Klumpp, Kimberly A. Bishop-Lilly, Mathumathi Rajavel, Kristin M. Willner, Amy Butani, Matthew Henry, Biswajit Biswas, Manrong Li, M. John Albert, Martin J. Loessner, Richard Calendar, Shanmuga Sozhamannan: Whole genome sequencing and comparative genomic analyses of two Vibrio cholerae O139 Bengal-specific Podoviruses to other N4-like phages reveal extensive genetic diversity. In: Virol J. Band 10, 28. Mai 2013, S. 165. PMID 23714204, PMC 3670811 (freier Volltext), doi:10.1186/1743-422X-10-165.
- Yosuke Nishimura, Takashi Yoshida, Megumi Kuronishi, Hideya Uehara, Hiroyuki Ogata, Susumu Goto: ViPTree: the viral proteomic tree server. In: Bioinformatics. Band 33, Nr. 15, S. 2379–2380. 1. August 2017, doi:10.1093/bioinformatics/btx157. PMID 28379287.
- Forest Rohwer, Rob Edwards: The Phage Proteomic Tree: a genome-based taxonomy for phage. In: J Bacteriol. Band 184, Nr. 16, Aug 2002, S. 4529–4535. PMID 12142423, doi:10.1128/JB.184.16.4529-4535.2002
- C. Moraru, A. Varsani, A. M. Kropinski (2020): VIRIDIC – a novel tool to calculate the intergenomic similarities of prokaryote-infecting viruses. In: bioRxiv Preprint. doi:10.1101/2020.07.05.188268. (kronos.icbm.uni-oldenburg.de)
- S. Kumar, G. Stecher, K. Tamura: MEGA7: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 7.0 for Bigger Datasets. In: Mol Biol Evol. Band 33, Nr. 7, Jul 2016, S. 1870–1874. doi:10.1093/molbev/msw054. PMID 27004904.
- Dann Turner, Andrew M. Kropinski, Evelien M. Adriaenssens: A Roadmap for Genome-Based Phage Taxonomy. In: MDPI Viruses. Band 13, Nr. 3, Section Bacterial Viruses, 18. März 2021, 506, doi:10.3390/v13030506
Einzelnachweise
Bearbeiten- ↑ a b ICTV: ICTV Master Species List 2020.v1, New MSL including all taxa updates since the 2019 release, March 2021 (MSL #36)
- ↑ ICTV: ICTV Master Species List 2021.v2, New MSL including some corrections.
- ↑ a b c d e f g h E. M. Adriaenssens, T. Tolstoy, A. M. Kropinski, C. Moraru, J. Wittmann: 2020.146B.R.Schitoviridae.zip (docx, xlsx), Vorschlag an das ICTV 2020.146B.R.Schitoviridae: Create one new family (Schitoviridae) including eight existing subfamilies and 40 existing genera (Caudovirales), 6. Juli 2020.
- ↑ ICTV: Proposals ratification list 2021 ( vom 11. April 2021 im Internet Archive)
- ↑ ICTV: Bacterial and archaeal virus proposals (Seite nicht mehr abrufbar, festgestellt im Januar 2023. Suche in Webarchiven) Info: Der Link wurde automatisch als defekt markiert. Bitte prüfe den Link gemäß Anleitung und entferne dann diesen Hinweis. (zip): 2020.146B.R.Schitoviridae.xlsx
- ↑ Johannes Wittmann, Dann Turner, Andrew D. Millard, Padmanabhan Mahadevan, Andrew M. Kropinski, Evelien M. Adriaenssens: From Orphan Phage to a Proposed New Family–The Diversity of N4-Like Viruses. In: MDPI: Antibiotics, Band 8, Nr. 10, Special Issue Phage Diversity for Research and Application, 663, 30. September 2020; doi:10.3390/antibiotics9100663
- ↑ ICTV: Taxonomy Browser.
- ↑ ICTV: Virus Metadata Resource (VMR).
- ↑ SIB: Enquatrovirus. Auf: ViralZone.
- ↑ a b c d e f Jacqueline Z.-M. Chan, Andrew D. Millard, Nicholas H. Mann, Hendrik Schäfer: Comparative genomics defines the core genome of the growing N4-like phage genus and identifies N4-like Roseophage specific genes, in: Frontiers in Microbiology, Band 5, Nr. 506, 10. Oktober 2014, doi:10.3389/fmicb.2014.00506, (PDF). Siehe insbes. Phylogenetischen Baum Fig. 5
- ↑ NCBI: Sulfitobacter phage EE36phi1
- ↑ NCBI: Sulfitobacter phage phiCB2047-B
- ↑ NCBI: Achromobacter phage JWDelta
- ↑ NCBI: Alteromonas phage vB_AmaP_AD45-P1 (species, unclassified Podoviridae)
- ↑ NCBI: Alteromonas phage vB_AmaP_AD45-P2 (species, unclassified Podoviridae)
- ↑ NCBI: Alteromonas phage vB_AmaP_AD45-P3 (species, unclassified Podoviridae)
- ↑ NCBI: Alteromonas phage vB_AmaP_AD45-P4 (species, unclassified Podoviridae)