Diskussion:Replikase-Polyprotein 1ab

Satz unverständlich

Betroffene Version: 17. Juli 2020 um 15:50 Uhr

Unter der Tabelle: „Der Unterschied zum Replikase-Polyprotein 1a (ORF1a-Polyprotein) besteht darin, dass ORF1a keine Nukleotide überträgt und in 11 Polypeptidketten gespalten wird.“

Den Satz versteh ich nicht. Sollte da noch irgendwo ein „b“ rein? Oder gehts um den Unterschied zwischen Genom und produziertem Protein? Schönen Gruß und vielen Dank für diesen sehr notwendigen Artikel – Markus Prokott ⎆ 16:59, 17. Jul. 2020 (CEST)

@Markus Prokott: Danke ebenfalls für das informative Bild, was nochmal klarmacht, was ich mit den Satz eigentlich sagen wollte. Man unterscheidet ja zwischen ORF1a und ORF1b (für SARS-CoV-2 = rep?), wobei ORF1a das Polyprotein pp1a und ORF1b das Polyprotein pp1ab exprimiert. Vermutlich habe ich mich etwas unklar ausgedrückt, da ich die Bezeichnungen für das Gen und das Protein vertauscht habe. Habe den Satz nun dahingehend korrigiert. Weiterhin bezieht sich der Satz nur für das Protein von SARS-CoV-2 und nicht für alle Nidoviren. --ChemPro (Diskussion) 20:04, 17. Jul. 2020 (CEST)

Ja, deine bisherigen Teile scheinen sich alle auf SARS-CoV-2 zu beziehen. Der Artikel-Titel bezieht sich natürlich letztlich auf Nidoviren allgemein (Oder noch mehr? Ich glaube nicht.). Hier wird man genau aufpassen müssen, dass auch zukünftig nichts durcheinandergeht. Bei meinem letzten Beitrag (zu Coronaviren allgemein) habe ich mein bestes versucht, könnte aber auch Fehler enthalten.

Zu dem Thema noch die Fußnote aus Ziebuhr et al. (2000), auf die ich in der Quellenangabe extra hinwies: “It should be noted that the names ORF1ab polyprotein and replicase polyprotein 1ab do not refer to a corresponding ORF1ab in the viral genome, which, clearly, does not exist. The combination of the letters a and b is an abbreviation, indicating the fact that this protein is expressed from two ORFs, ORF1a and ORF1b.”

Das Bild (ist aus dem unter Quellen aufgeführten Ogando et al. (2019)) habe ich recht klein an den Rand gestellt. Ist aber keine Vorgabe. Wollte dir nur nicht ins Artikellayout fuschen. Will es vielleicht in Zukunft noch in die Teile A und B trennen. Auch den neuen Abschnitt habe ich einfach unten angefügt, weil ichs nicht besser wusste.

Mit Genetik habe ich noch so meine Probleme. Brauche solche Artikel wie hier dringend für die Arbeit an Nido- und Coronaviren-Artikeln. – Markus Prokott ⎆ 20:46, 17. Jul. 2020 (CEST)

@Markus Prokott: Um auch andere Vertreter der Nidovirales hinzuzufügen, dachte ich mir, dass man die verschiedenen Protein- und Genbezeichnungen des ORF1ab-Polyproteins, sowie deren Länge und die UniProt-ID tabellarisch für einzelne Viren darstellen könnte. Die Infobox sowie die Tabelle zu den Funktionen der einzelnen Proteine würde ich in den Artikelnamensraum Replikase-Polyprotein 1ab (SARS-CoV-2) verschieben wollen. So könnte es aussehen:

Verschiedene ORF1ab-Polyproteine innerhalb der Nidovirales

Familie	Gattung	Vertreter	Protein	Gen	Länge (in aa)	UniProt
Coronaviridae	Betacoronavirus	MERS-CoV	ORF1ab	–	7078	R9UNV9
		SARS-CoV	Orf1ab-Polyprotein	PP1ab	7073	A7J8L2
		SARS-CoV-2	Replikase-Polyprotein 1ab	rep	7096	P0DTD1

Was hältst du von der Idee? --ChemPro (Diskussion) 15:05, 18. Jul. 2020 (CEST)

Hm. Schwierig. Da komm ich an meine Grenzen. Ich glaubte, dass es nicht wirklich verschiedene Bezeichnungen gibt. Und Virologen geben viel in Datenbanken ein, wenn der Tag lang ist.

• Der folgende Absatz aus Ziebuhr et al. (2000) zeigt die gebräuchliche Form der Benennung (das † deutet auf die oben bereits zitierte Fußnote):

  “In contrast to the expression of the structural genes, nidovirus-encoded proteinases play a prominent role in the expression of the replicase gene. The replicase proteins are encoded by two large, 5'-proximal open reading frames (ORFs) that occupy approximately two-thirds to three-quarters of the genome (Fig. 1). The division of the replicase gene into ORFs 1a and 1b, which are connected by a ribosomal frameshift site (Brierley et al., 1987), is one of the hallmarks of the nidoviruses. It results in the translation of an ORF1a protein and a carboxylextended ORF1ab frameshift protein; also known as replicase polyproteins 1a and 1ab (pp1a and pp1ab)†. The size of the frameshift protein ranges from 3175 amino acids for the arterivirus EAV to about 7200 amino acids for the coronavirus MHV. The nidovirus ORF1a and ORF1ab translation products are polyprotein precursors which are cleaved by viral proteinases at a minimum of 10 (arteriviruses) or 13 (coronaviruses) sites.”

• In Bukhari et al. (2018) sieht man aber, dass die neuentdeckte Nidoviren-Art Aplysia abyssovirus 1 kein Frameshift hat. Daher ist ORF1ab frameshift protein hier wohl fragwürdig. Aber das ist die einzige Ausnahme, die ich kenne.

• In ICTV 9th Report: Nidovirales kann man in Fig. 2 und 3 die Familien-übergreifende Bezeichnungsweise sehen.

• In der Beschreibung des SARS-CoV-2-Tests (Corman et al.: Diagnostic detection of 2019-nCoV by real-time RT-PCR. 17. Januar 2019 (Volltext [PDF; 1,7 MB]). ) kann man in Fig. 1 sehen wie Drosten et al. den Genom-Abschnitt ORF1b bei SARS-COV-1 und -2 identisch (und wohl auch falsch) als „Orf1ab“ bezeichnen.

In virologischen Artikeln sind die Namen nur im Wesentlichen festgelegt. „ORF1ab“, „Orf1ab-Polyprotein“, „Replikase-Polyprotein 1ab“ sind korrekte Bezeichnungen und man kann sie bei allen drei Viren(unter)arten, die du oben nennst, untereinander austauschen. Die beiden anerkanntesten Namen dürften sein: „pp1ab“, „ORF1ab polyprotein“, entsprechend die lokal-sprachlichen Übersetzungen. Aber alle „sinnvollen“ Variationen davon sind auch ok.

Mit anderen Worten: In deiner Beispieltabelle oben könnte man in die Spalte „Protein“ genausogut dreimal „ORF1ab-Polyprotein“ reinsetzen. Oder liege ich falsch?

Das ist verwirrend.

Gibt es Artikel mit ähnlicher Strukturierung, wie du sie für Replikase-Polyprotein 1ab (SARS-CoV-2) beschreibst, schon bei anderen Themen? Du scheinst mit anderer Literatur und anderen Themen zu tun zu haben als ich. Wie wichtig sind da diese unterschiedlichen Bezeichnungen? Werden sie überall gleich verwendet oder irgendwie offizell festgelegt? Oder sind es andere Namen in jeder Datenbank? Das wäre wichtig, um zu entscheiden, ob man alles in einen Artikel steckt, oder viele Artikel nach einem Muster anlegt. – Markus Prokott ⎆ 21:49, 18. Jul. 2020 (CEST)

Für die Bezeichnungen der Polyproteine habe ich keine Fachliteratur benutzt, sondern habe mich an der Datenbank UniProt orientiert, wobei ich feststellen musste, dass die dort angegebenen Bezeichnungen nur Vorschläge sind und daher nicht offiziell festgelegt waren. Daher stimme ich dir zu, dass die Bezeichnungen auch mit ihren Synonymen austauschbar sind und somit die Tabelle irrelevant ist. Die Praxis der Anlegung von Artikeln zu Virusproteinen von einem bestimmten Virus (und nicht für die gesamte Familie) kannst du in Kategorie:Virusprotein sehen und habe mich auch danach orientieren wollen. Jedoch stellt sich für mich ebenfalls die Frage, ob diese Praxis sinnvoll ist, da man genauso gut alles in einen Artikel packen könnte. Wie du bereits angemerkt hast, kommt es darauf an. Falls es zu dem Protein eine offiziell anerkannte Bezeichnung gibt, die von der üblichen Bezeichnung abweicht, wie wichtig ist diese unterschiedlich Bezeichnung? Hat das Protein dieselbe Bezeichnung wie alle anderen, hat aber eine komplett unterschiedliche Funktion? Hat das Protein irgendeine besondere Relevanz, vor allem medial? Wenn ich mir das durch den Kopf gehen lasse, tendiere ich jetzt eher dazu, alles in einen Artikel packen zu wollen. Die Tabelle zu den Funktionen der einzelnen Proteine von SARS-CoV-2 würde ich ebenfalls so aufdröseln wollen, dass es allgemein für Nidovirales gilt. Abweichungen zu den Proteinfunktionen könnte man dann im Abschnitt "Grobeinteilung" anmerken, wobei man dann weiter unterscheiden kann zwischen bspw. Coronavirus, Torovirus, Bafinivirus etc., falls Fachliteratur dafür vorhanden ist. --ChemPro (Diskussion) 12:35, 20. Jul. 2020 (CEST)

Fang doch ruhig erstmal mit SARS-CoV-2 an. Der Rest ergibt sich dann schon. Der Titel ist schon der optimalste (wohl'n Glückstreffer). Wenns wichtig erscheint, kann man ne Box reinsetzen, dass es sich einstweilen im Artikel vor allem um SARS-CoV-2 dreht. Wichtig ist, dass wir die Ausgangsdaten jetzt besser verstehen, die beste Art diese darzustellen ergibt sich dann schon.

In der Kat gibts auch Artikel die über diverse Gruppen hinweg gehen. Polyprotein und Peplomer betrifft alle möglichen Viren. Ich finds interessant, dass du zufällig schon einen der passensten Namen für den Artikel erwischt hast. Die drei in der Einleitung genannten plus „pp1ab“ sind die wichtigsten. Das gibt mein obiges Zitat schon her. Die Variante mit „Frameshift“ könnte mittlerweile veraltet sein oder eingeschränkte Gültigkeit haben. Das könnte man weiter unten erwähnen.

Mir fällt ein (für später eventuell), dass, wenn du die ganze Bandbreite von Nidoviren wiedergeben willst, du dir unbedingt die Grenzfälle der Genome ansehen solltest:

• Coronaviren (besonders normal)
• Arteriviren (besonders klein)
• Tobaniviren (Toro-, Bafiniviren usw.) (besonders einfach)
• Planidovirus 1 (kein ORF1a / ORF1b / ORF2, nur ein einziges Gesamt-ORF, aber trotzdem Frameshift)
• Aplysia abyssovirus 1 (Stop-codon statt Frameshift, ein ORF2 bis zum 3'-Ende des Genoms)
• Nidoviren wirbelloser Wierte (kein NEndoU)

Aber vielleicht doch erstmal mit SARS-CoV-2 anfangen. Ich bin vorläufig vor allem bei Coronaviren unterwegs. Aber bekomme auch diverse Nidoviren-Dinge mit. Bei Genetik hab ich noch Probleme. Was ich hier geschrieben habe, konnte ich erst durch deine Vorarbeit erschließen.

Interessant: In COVID-19-Pandemie #Tagesstatistiken, Wochenstatistiken, Grafiken und Tabellen kann man sehen, dass einige Statistikteile in Unterseiten ausgelagert wurde. Vielleicht auch zu was gut.

– Markus Prokott ⎆ 18:55, 20. Jul. 2020 (CEST)

Wow, hast ja schnell gearbeitet. Habs erst gesehen, als ich den Text hier schon weggeschickt hatte. Klingt gut. Und ich bin positiv überrascht, dass ich tatsächlich was verstehe. Vor noch einem oder zwei Monaten wäre das fast alles nur Kauderwelsch für mich gewesen. – Markus Prokott ⎆ 19:00, 20. Jul. 2020 (CEST)

Unklare Strukturierung des Artikels

Der Inhalt ist, soweit ich das sehen kann, recht ok von der Qualität her; aber der Artikel ist recht unübersichtlich strukturiert. Ich kam zum Beispiel hier her um pp1ab von SARS-CoV-2 zu verstehen; bin nun aber eher verwirrt was pp1ab ist. Wusste nicht das die Bezeichnung in mehreren Viren verwendet wird. Daher wäre da eine Einführung und stärkere Strukturierung des Artikels besser. 2A02:8388:1602:6D80:3AD5:47FF:FE18:CC7F 10:25, 15. Feb. 2021 (CET)