MDGRAPE-3

MDGRAPE-3 ist ein Supercomputer, der vom japanischen Forschungsinstitut RIKEN für Zwecke der Molekulardynamik-Simulation, speziell für die Berechnung von Proteinstrukturen entworfen wurde.

Der Rechner besteht aus 201 Einheiten mit jeweils 24 MDGRAPE-3-Chips und zusätzlichen Dual-Core-Intel-Xeon-Prozessoren (Codename „Dempsey“), die als Host-Maschinen dienen.

Im Juni 2006 verkündete RIKEN die Fertigstellung des Systems, das eine Billiarde Gleitkommaoperationen pro Sekunde (1 PetaFLOPS) durchführen kann. Das ist vergleichbar mit der Schnelligkeit des IBM Roadrunner, der die TOP500-Liste der schnellsten Supercomputer vom November 2008 anführt. Da MDGRAPE-3 kein System für allgemeine Berechnungen ist, sondern spezielle Aufgaben bearbeitet, konnte er sich wegen der Inkompatibilität zu LINPACK nicht für die TOP500-Liste qualifizieren. Deshalb wird das System oft als ein Beispiel für die negativen Aspekte LINPACKs genannt.

Weblinks

• MD-GRAPE Project@IBM (Memento vom 30. Oktober 2012 im Internet Archive) (englisch)
• High-Performance Molecular Simulation Team@RIKEN (Memento vom 22. Juli 2011 im Internet Archive) (japanisch)
• Peta Computing Institute (Memento vom 15. Juli 2009 im Internet Archive) (englisch)
• Tetsu Narumi's MDGRAPE page (englisch)
• Molecular Dynamics Machine using MDGRAPE-2 (englisch)