Erste internationale Erfahrungen sammelte Margaret Kipkemboi bei den Jugendweltmeisterschaften 2009 in Brixen, bei denen sie im 800-Meter-Lauf mit 2:15,01 min in der ersten Runde ausschied. Bei den Crosslauf-Weltmeisterschaften 2015 in Guiyang gelangte sie in 27:32 min auf den 13. Platz. Zudem siegte sie in 15:30,15 min bei den Afrikaspielen in Brazzaville im 5000-Meter-Lauf. Im Jahr darauf gewann sie bei den Afrikameisterschaften in Durban in 15:07,56 min die Silbermedaille hinter ihrer Landsfrau Sheila Chepkirui. 2017 nahm sie an den Weltmeisterschaften in London teil und wurde dort mit 14:48,74 min im Finale Fünfte. Im Jahr darauf gewann sie bei den Commonwealth Games im australischen Gold Coast in 15:15,08 min hinter ihrer Landsfrau Hellen Obiri die Silbermedaille. 2019 erreichte sie bei den Weltmeisterschaften in Doha das Finale über 5000 Meter und gewann dort in 14:27,49 min die Silbermedaille hinter Obiri. 2021 wurde sie bei der Doha Diamond League in 8:28,27 min Zweite im 3000-Meter-Lauf und bei den Bislett Games in Oslo gelangte sie mit 14:28,24 min auf Rang drei über 5000 Meter. Ende August wurde sie beim Meeting de Paris in 8:21,53 min Dritte über 3000 Meter und anschließend siegte sie in 14:55,27 min über 5000 Meter beim Kip Keino Classic. Im Jahr darauf siegte sie in 1:05:26 h beim Barcelona-Halbmarathon und im Juli gewann sie bei den Weltmeisterschaften in Eugene über die 10.000 Meter mit einer neuen persönlicher Bestzeit von 30:10,07 min die Bronzemedaille hinter der Äthiopierin Letesenbet Gidey und ihrer Landsfrau Hellen Obiri.[1] Anschließend wurde sie beim Memoriał Kamili Skolimowskiej in 8:40,96 min Dritte über 3000 Meter.
2023 wurde sie bei den Bislett Games in 8:26,14 min Dritte über 3000 Meter und belegte dann bei den Weltmeisterschaften in Budapest mit 14:56,62 min im Finale den vierten Platz über 5000 Meter. Im Oktober siegte sie beim Valencia-Halbmarathon in einer persönlichen Bestzeit von 1:04:46 h.[2] Im Jahr darauf gewann sie bei den Crosslauf-Weltmeisterschaften 2024 in Belgrad in 31:09 min die Bronzemedaille im Einzelbewerb hinter ihren Landsfrauen Beatrice Chebet und Lilian Kasait Rengeruk und sicherte sich in der Teamwertung die Goldmedaille.
- 800 Meter: 2:07,3 min, 8. Juni 2012 in Nairobi
- 1500 Meter: 4:06,94 min, 5. Juli 2021 in Tomblaine
- 3000 Meter: 8:21,53 min, 28. August 2021 in Paris
- 5000 Meter: 14:23,67 min, 9. Juni 2023 in Paris
- 10.000 Meter: 30:10,07 min, 16. Juli 2022 in Eugene
- Halbmarathon: 1:04:46 h, 22. Oktober 2023 in Valencia