Mehrere uigurische Alphabete werden oder wurden zu Schreibung des Uigurischen benutzt, zu Anfang im Wesentlichen das Uigurische Alphabet, daneben auch Orchon-Runen, heute vor allem ein auf dem arabischen Alphabet und ein auf dem kyrillischen Alphabet basierendes Alphabet. Zwischenzeitlich wurde auch ein auf dem lateinischen Alphabet basierendes Alphabet benutzt.

Heute werden vor allem zwei verschiedene Alphabete verwendet, um die uigurische Sprache niederzuschreiben: das arabisch-persische in China und das kyrillische in Kasachstan. In Xinjiang wurde einst mehrere Jahrzehnte ein lateinisches Alphabet verwendet, das in China offiziell bis heute als lateinische Transkription des Uigurischen verwendet wird. Die Rechtschreibkonventionen der verschiedenen Schriftsysteme sind zueinander nicht kompatibel; dies betrifft insbesondere die Schreibung von russischen und chinesischen Lehnwörtern.

Als die Sowjetunion entstand, wurde für die im Gebiet der Sowjetunion lebenden Uiguren 1926 zunächst ein lateinisches Alphabet entwickelt. Elf Jahre später wurde es dann, wie alle Alphabete der Turksprachen auf dem Gebiet der Sowjetunion, durch ein auf dem Kyrillischen basierendes Alphabet ersetzt. Nachdem auch in der Volksrepublik China die Kommunisten die Macht übernahmen, wurde zunächst auch dort das kyrillische Alphabet verwendet. Nachdem sich jedoch die sowjetisch-chinesischen Beziehungen stark abkühlten, entschied sich China, einen eigenen Weg zu gehen, und führte 1959 ein lateinisches Alphabet auf Basis des Pinyin ein, welches auf Digraphen möglichst verzichtete und stattdessen Sonderzeichen verwendete. Dieses konnte sich jedoch in der uigurischen Bevölkerung nicht durchsetzen, und so wurde 1982 wieder die arabische Schrift verwendet, was bis heute gültig ist. In diesem Alphabet werden aber auch die Vokale mit Buchstaben bezeichnet - entsprechend dem traditionellen mittelalterlichen uigurischen Alphabet und im Gegensatz zur Verschriftung der arabischen Sprache. Diese Spielart der arabischen Schrift unterscheidet sich von der sogenannten Plene-Schreibung des Arabischen dadurch, dass zur Wiedergabe der Vokale ausschließlich die Schriftzeichen für die Halbvokale (Alif, Wāw und Yā') und keine Taschkīl verwendet werden.

Heute wird in den Nachfolgestaaten der Sowjetunion weiterhin die kyrillische Schrift verwendet, während in China die arabisch-persische Schrift verwendet wird. Eine Generation von Uiguren in Xinjiang wuchs mit der lateinischen Schrift auf, die in China bis heute als offizielle lateinische Transkription des Uigurischen dient. Daneben existieren verschiedene neue lateinische Umschriften, die jedoch keinen offiziellen Status haben.

Das arabische Alphabet für das Uigurische

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Alphabettafel
 
Nachschlagewerke

Die heutige arabische Schrift zu Schreibung des Uigurischen hat neben den Sonderzeichen aus dem Persischen ("p" und "g") noch eine Anzahl weiterer Sonderzeichen vor allem zur Schreibung von Vokalen.

# IPA arabisch kyrillisch lateinisch
1 /ɑ/ ئا А а A a
2 /æ/ ئە Ә ә Ə ə
3 /b/ ب Б б B b
4 /p/ پ П п P p
5 /t/ ت Т т T t
6 /d͡ʒ/ ج Җ җ J j
7 /t͡ʃ/ چ Ч ч Q q
8 /x/ خ Х х H h
9 /d/ د Д д D d
10 /r/ ر Р р R r
11 /z/ ز З з Z z
12 /ʒ/ ژ Ж ж Ⱬ ⱬ
13 /s/ س С с S s
14 /ʃ/ ش Ш ш X x
15 /ʁ/ غ Ғ ғ Ƣ ƣ
16 /f/ ف Ф ф F f
17 /q/ ق Қ қ Ⱪ ⱪ
18 /k/ ك К к K k
19 /ɡ/ گ Г г G g
20 /ŋ/ ڭ Ң ң Ng ng
21 /l/ ل Л л L l
22 /m/ م М м M m
23 /n/ ن Н н N n
24 /h/ ھ Һ һ Ⱨ ⱨ
25 /o/ ئو О о O o
26 /u/ ئۇ У у U u
27 /ø/ ئۆ Ө ө Ɵ ɵ
28 /y/ ئۈ Ү ү Ü ü
29 /w/ ۋ В в W w
30 /e/ ئې Е е E e
31 /ɪ/ ئى И и I i
32 /j/ ي Й й Y y

Im kyrillischen Alphabet existieren außerdem die Zeichen Ю und Я, sie entsprechen den Zeichenfolgen yu und ya im lateinischen Alphabet sowie ihren entsprechenden arabischen Pendants.