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Wikipedia:Viroboxen

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Eine Virobox ist eine Tabelle mit Informationen zur systematischen Einordnung und Unterteilung, die in Artikeln über Viren (inklusive Virusoide) sowie Viroide und Satelliten-Viren verwendet wird.

Die Taxonomie in diesen Gruppen funktioniert etwas anders als bei „echten“ Lebewesen (Biota). Sie wird alle paar Jahre durch das International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) festgelegt und überarbeitet. Wesentlich für die Taxonomie sind die Eigenschaften des Viren-Genoms, der Virushülle und die Symmetrie des Kapsids, daher sehen die Viroboxen notwendigerweise ein bisschen anders aus als Taxo- oder Paläoboxen.

Einige Besonderheiten der ICTV-Taxonomie sind z.B.:

  • Es gibt nur wenige Ordnungen, die meisten taxonomischen Hierarchien beginnen erst auf der Ebene der Familie. Seit Herbst 2018 sind auch höhere Ränge zugelassen, wobei bisher (Stand Januar 2022) noch nicht alle Ränge auch tatsächlich schon Anwendung fanden.
  • Die Endungen lauten bei Realm (englisch realms) -viriae, bei Subrealm (englisch subrealms) -vira, bei Reichen (englisch kingdoms) -viriae, bei Unterreichen (englisch subkingdoms) -virites, bei Phyla -viricota, bei Subphyla -viricotina, bei Klassen -viricetes, bei Unterklassen -viricetidae, bei Ordnungen -virales, bei Unterordnungen -virineae, bei Familien -viridae, bei Unterfamilien -virinae und bei Gattungen, Untergattungen und Spezies -virus (im klassischen Latein gibt es keine Pluralform von ‚virus‘. Das ICTV benutzt in der biologischen Nomenklatur ebenfalls keine Pluralformen wie -viren bzw. englisch -viruses). Für Virusoide findet dieselbe Nomenklatur Anwendung.
  • Für Viroide sind die Endungen der im Gebrauch befindlichen Ränge bei Familien -viroidae, bei Gattungen und Species -viroid. Für Satelliten-Viren sind diese bei Familien -satellitidae, bei Unterfamilien -satellitinae, bei Gattungen und Species -satellite.
  • Einige Spezies werden nur vorläufig in Klassen, Familien oder Gattungen ohne weitere Klassifizierung (in ein Realm) eingeordnet.
  • Die wissenschaftlichen Bezeichnungen bestehen für alle Rangstufen ab Gattung aufwärts aus nur einem Wort. Für Artnamen wird seit 2021 eine binomiale Namensgebung wie bei zellulären Organismen favorisiert.
  • Laut ICTV sind die wissenschaftlichen Bezeichnungen aller Taxa – und nur diese – kursiv zu schreiben, mit Ausnahme der Abkürzungen. Abkürzungen enden auf „V“ für Viren und auf „Vd“ für Virusoide, ggf. gefolgt von einer Nummer (nicht römisch, sondern arabisch). Einige Abkürzungen für Satelliten-Viren beginnen mit „S“ und enden mit „V“ (ggf. gefolgt von der Nummer). Deutsche oder eingedeutschte Namen werden wie bei zellulären Organismen in Normalschrift wiedergegeben.
  • Für viele Spezies existieren keine deutschen Bezeichnungen. Wo für diese noch keine Binomialnamen festgelegt sind, werden diese im Deutschen daher mit ihrem englischen Namen unter Einfügung der notwendigen Bindestriche angegeben, z. B. wird aus englisch Tomato bushy stunt virus dann deutsch Tomato-bushy-stunt-Virus. Adjektive werden ohne Bindestrich angefügt, z. B. Bovines Adenovirus.
  • Die Rangstufe Subspezies (Unterart) wird hier aus praktischen/historischen Gründen unterstützt, aber derzeit vom ICTV nicht offiziell ausgewiesen.
Diese Dokumentation wird aus Vorlage:Infobox Virus/Doku eingebunden und kann dort geändert werden.

Kopiervorlage

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Alle Parameter: 

<!-- Zu Informationen zum Umgang mit dieser Vorlage siehe bitte [[Wikipedia:Viroboxen]]. -->
{{Infobox Virus
| Name = 
| Wiss_Name = 
| Wiss_KurzName = 
| Bild = 
| Bild_größe =
| Bild_legende = 
| Klassifikation =
| ohne_Rang = 
| Realm = 
| Subrealm = 
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| Familie = 
| Subfamilie = 
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| Subgattung = 
| Spezies = 
| Subspezies = 
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| Baltimore = 
| Kapsid = 
| Virushülle = 
| ICTV_Tax = 
| NCBI_Tax = 
| NCBI_Ref = 
| ViralZone = 
| PhagesDB =
}}

Nur die wichtigsten Parameter: 

<!-- Zu Informationen zum Umgang mit dieser Vorlage siehe bitte [[Wikipedia:Viroboxen]]. -->
{{Infobox Virus
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| Wiss_KurzName = 
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| Bild_legende = 
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| ICTV_Tax = 
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| ViralZone = 
}}

Parameter

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Parameter Beschreibung Möglicher Wert / Mögliche Werte
Name Deutscher Name des Virustaxons/Virus Nanoviriden / Gelbfieber-Virus / Bakteriophage T2
Wiss_Name Wissenschaftlicher Name, wenn möglich nach ICTV (ersatzweise nach NCBI), normalerweise kursiv und in englischer Sprach­um­gebung; Standardwert ist der niedrigste spezifizierte Rang (stan­dard­mäßig automatisch kursiv) Yellow fever virus / Enterobacteria phage T2 / nicht festgelegt
Wiss_KurzName Wissenschaftlicher Kurzname, wenn möglich nach ICTV YFV
Bild Bild (ggf. Schemazeichnung) eines (Mit­glieds-)Virus VirusBild.jpg
Bild_größe Größe des Bildes 250px (Standardwert: 200px)
Bild_legende Legende des Bildes (ohne: keine Legende) ohne / [[Virion|Virusteilchen]] von X (Standardwert: Name)
Klassifikation Klassifikation (optional, wird automatsch querverwiesen): Viren oder subvirale Partikel, deren Taxonomie vom ICTV verwaltet wird. Viren (Standardwert) / Viroide / Satelliten / Viriforme
ohne_Rang nur für unbestätigte Ver­wandt­schafts­gruppen:
Ersetzt die Bezeichnungen für die ge­lis­teten Ränge (etwa Unterart/Sub­spezies, Untergattung/Subgattung, …) durch den Text ‚ohne Rang‘		 Rang / Rang1, Rang2,… / (Standardwert: leer)
Realm Realm (automatisch kursiv) Realm / [[Realm]] / nicht klassifiziert
Subrealm Subrealm (automatisch kursiv) Subrealm / [[Subrealm]] / nicht klassifiziert
Reich Reich (automatisch kursiv) Reich / [[Reich]] / nicht klassifiziert
Subreich Unterreich (wird automatisch kursiv) Subreich / [[Subreich]] / nicht klassifiziert
Phylum Phylum (automatisch kursiv) Phylum / [[Phylum]] / nicht klassifiziert
Subphylum Subphylum (automatisch kursiv) Subphylum / [[Subphylum]] / nicht klassifiziert
Klasse Klasse (automatisch kursiv) Klasse / [[Klasse]] / nicht klassifiziert
Subklasse Unterklasse (automatisch kursiv) Subklasse / [[Subklasse]] / nicht klassifiziert
Ordnung Ordnung (automatisch kursiv) Ordnung / [[Ordnung]] / nicht klassifiziert
Subordnung Unterordnung (automatisch kursiv) Subordnung / [[Subordnung]] / nicht klassifiziert
Familie Familie (automatisch kursiv) Familie / [[Familie]] / nicht klassifiziert
Subfamilie Unterfamilie (automatisch kursiv) Subfamilie / [[Subfamilie]] / nicht klassifiziert
Gattung Genus (Gattung) (automatisch kursiv) Gattung / [[Gattung]] / nicht klassifiziert
Subgattung Subgenus (Untergattung) (automatisch kursiv) Subgattung / [[Subgattung]] / nicht klassifiziert
Spezies Spezies (Art) (automatisch kursiv) Spezies / [[Spezies]]
Subspezies Subspezies/Unterart (stan­dardmäßig auto­matisch kursiv) Subspezies / [[Subspezies]]
kursiv Für den Fall, dass unter Subspezies ein Stamm oder Isolat angegeben wird, der nicht kursiv angezeigt werden soll. Wirkt auf die angezeigte Unterart, den Standard für die Bildunterschrift, den angezeigten wis­senschaftlichen Namen, und das Artikel­lemma (wenn es mit letzterem über­einstimmt) ja (Standardwert) / nein
Genom Kurzbeschreibung des Virusgenoms [[Polarität (Virologie)|(+ / -)ssRNA]] / dsRNA / ssRNA-RT / [[Polarität (Virologie)|(+ / - / +/-)ssDNA]] / dsDNA / dsDNA-RT
linear / zirkulär
segmentiert / unsegmentiert
Baltimore Klassifikation nach Baltimore (keine rö­mi­schen Zahlen, für gruppenübergreifende Taxa mehrere Angaben/Bereiche ok.) 4 / 3, 4, 5 / 3 – 5
Kapsid Kapsidsymmetrie
keine: pleomorph/keine Symmetrie
ohne/keines: kapsidlos		 ikosaedrisch / helikal / komplex / keine / ohne / keines / <frei wählbar>
Virushülle Virushülle vorhanden oder nicht vorhanden / keine
ICTV_Tax ICTV Taxon History Id;
mehrere Angaben und optionaler Kurzname durch Komma trennen. Optional: Parameter taxon_name		 2018‍53121 / 202214301&taxon_name=Atroposvirales / 2018‍55030 (HIV-1), 2018‍55031 (HIV-2)
NCBI_Tax NCBI Taxonomy ID oder Name;
für spezielle Fälle (wie HIV) können mehrere Angaben durch Komma oder Strichpunkt getrennt werden, Kurzname optional jeweils hinter ID/Name in Klam­mern. srchmode: 1=vollst. Name, 2=Wildcards, 3=Token-Set, 4=phonetischer Name; lvl: Verzweigungstiefe (Rangstufen); Details siehe NCBI: Linking to the NCBI Taxonomy Database.		 10335 / 3044427&lvl=4 /
Cedratvirus&srchmode=3 (alle), 1903‍266 (A11) / 11676 (HIV-1), 11709 (HIV-2)
NCBI_Ref NCBI Reference Genome;
mehrere Angaben und optionaler Kurzname wie oben durch Komma trennen, Belege und Anmerkungen am Ende möglich (ref-Tag)		 EU154348.1 / AF033819 (HIV-1), KP890355.1 (HIV-2)
ViralZone ViralZone (Expasy, SIB) ID,
optional mit Parametern für Zielseite (wird nicht angezeigt);
mehrere Angaben und optionaler Kurzname durch Komma trennen		 220 / 220?outline=all_by_species#tab6 / 7 (HIV-1), 64 (HIV-2)
PhagesDB PhagesDB,
optional: Name eines Bakteriophagen in der „Actinobacteriophage Database“ (dort auch andere Phagen)		 PhagesDB-Phagename / Lily / FLiP
ICTV obsolet (veraltet und wird nicht mehr angezeigt)

Als wissenschaftlicher Name sollte bei ICTV-bestäigten Taxa die offizielle ICTV-Bezeichnung angegeben werden, bei unbestätigten Taxa ersatzweise der NCBI-Name (in doppelten Anführungszeichen). Es erfolgt eine automatische Kursivsetzung, die für Bezeichner unterhalb Art/Spezies („Subspezies“) abgeschaltet werden kann. Dasselbe gilt für die taxonomischen Ränge von Realm bis Spezies (bzw. Subspezies). Lediglich das Feld Name ist derzeit für einen deutschen Namen vorgesehen.

Wenn unbedingt erforderlich, kann die Kursivsetzung für einen einzelnen taxonomischen Rang (Spezies aufwärts) abgescahltet werden mit:

  • <span style="font-style:normal;">Xyz-Viren</span>

oder (einfacher, aber weniger sicher – die zweifachen Einfach-Anführungszeichen wirken als Umschalter):

  • ''Xyz-Viren''</span>

Hiweise zum Herausfinden der ICTV/NCBI/ViralZone-IDs:

  • Wikidata: Taxon suchen – Abschnitt „Identifiers“
  • ICTV: ICTV Taxonomy – Suche (Teilstring möglich), ggf. „all ICTV releases“ aktivieren – in der Trefferliste „View“ auf den neuesten passenden Eintrag – in der angezeigten und hervorgehobenen Zeile gant rrechts auf „history“ gehen. Die ID steht in der Adresse der angezeigten Webseite ganz rechts.
  • ICTV (nur Spezies): Master Species Lists – die neueste Excel-Liste anzeigen/downloaden - das letzte Datenblatt ist die Liste selbst – dort suchen – die letzte Spalte ganz rechts beinhaltet die Adresse der „history“ (wie oben).
  • NCBI (Taxon ID): Taxonomy Browser – Suchen (verschiedene Suchstrategien möglich) – falls Trefferliste angezeigt das gewünschte Taxon auswählen – in der Detailansicht werden die ID, Rang, Synonme etc. angezeigt. Für Spezialzwecke unterstützt die Vorlage neben der Taxon ID auch die anderen Suchstrategien.
  • NCBI (Reference): Wenn man in Originalartikeln oder der ICTV-Dokumentation nict fündig wird, findet man Zugriffsnummeren (Accession Numbers) für Genom und/oder Proteom über den NCBI Taxonomy Browser in der Detailansicht (s. o.) – Box rechts – Nucleotide bzw. Protein
  • ViralZone: Expasy ViralZone – für die Ränge bis hoch zu Familie führt man die Suche aus (eigene Seiten für Spezies oder darunter gibt es nur in besonders prominenten Fällen). Für die höheren Ränge benutzt man besser die oberen Knöpfe mit den Baltimore-Gruppem (dsDNA, ssDNA usw.), sollte aber keine zu hohen Erwartunegn haben. Interessant auch Viral exotoxin, Modulation of host virulence by virus und Viral latency. Achtung: Manche Seiten haben mehrere Datenblätter, die Vorlage unterstützt das direkte Ansteuern derselben wenn das erste (d. h. linke) leer ist.

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