Die Gauliga Nordbayern 1943/44 war die zweite Spielzeit der Gauliga Nordbayern im Fußball. Vorjahresmeister 1. FC Nürnberg konnte in Nordbayern seinen Titel verteidigen, wenngleich sich der „Club“ bei weitem nicht so überlegen präsentierte wie in der Vorsaison. Lange Zeit konnte der 1. FC Bamberg den Nürnbergern Paroli bieten, ging aber im direkten Duell drei Spieltage vor Ende der Runde im Städtischen Stadion mit 1:12 unter. In der Endrunde drang der FCN bis ins Halbfinale vor und schied dort gegen den späteren Meister Dresdner SC aus.
In der darauf folgenden Spielzeit 1944/45 wurden die beiden Gauligen Nord und Süd aufgelöst, es gab hingegen fünf Spielklassen auf der obersten Ebene, die den Gauen des Sportbereichs Bayern entsprachen.