Über den Fußball-Verbandspokal 1999/2000 wurden die Teilnehmer der 21 Landesverbände des DFB am DFB-Pokal 2000/01 ermittelt. Die Sieger der Verbandspokale waren zur Teilnahme an der ersten Runde des DFB-Pokals berechtigt. Bayern als mitgliederstärkster Verband entsendete zusätzlich den unterlegenen Finalisten. Somit qualifizierten sich 22 Amateurvereine über die Verbandspokale für den nationalen Pokalwettbewerb.

Endspielergebnisse

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Die Tabelle gibt eine Übersicht über die Verbandspokal-Endspiele der Saison 1999/00. Die Abkürzungen hinter den Vereinsnamen stehen für die Spielklassenzugehörigkeit der gleichen Saison: RL = Regionalliga, OL = Oberliga, VL = Verbandsliga, LL = Landesliga.

Verbandspokal-Endspiele (Saison 1999/2000)
Verband Pokal Sieger Finalist Ergebnis
Baden BFV-Hoepfner-Cup Karlsruher SC (Amateure) (RL) FV Lauda (OL) 2:0
Bayern 1 Bayerischer Toto-Pokal FC Ismaning (LL) TSV 1896 Rain (LL) 4:2
Berlin Paul-Rusch-Pokal Tennis Borussia Berlin (Amateure) (RL) BFC Dynamo (RL) 3:0
Brandenburg FVB-Pokal SV Babelsberg 03 (RL) Frankfurter FC Viktoria (OL) 2:1
Bremen Roland-Pokal SV Werder Bremen (Amateure) (RL) Bremer SV (VL) 4:1
Hamburg Toto-Pokal TuS Dassendorf (OL) SV Börnsen (LL) 5:1
Hessen HFV-Pokal SV Wehen Taunusstein (RL) TuSpo Guxhagen (LL) 5:1
Mecklenburg-Vorpommern Mecklenburg-Vorpommern-Pokal FC Schönberg 95 (OL) Hansa Rostock (Amateure) (OL) 3:0
Mittelrhein Netcologne-Cup Bayer Leverkusen (Amateure) (RL) FV Bad Honnef (VL) 2:0
Niederrhein ARAG-Pokal Wuppertaler SV (OL) Bor. Mönchengladbach (Amateure) (OL) 1:0 n. V.
Niedersachsen NFV-Pokal Kickers Emden (OL) Lüneburger SK (RL) 0:0, 3:2 i. E. 2
Rheinland Rheinlandpokal VfL Hamm/Sieg (OL) SpVgg EGC Wirges (OL) 3:0
Saarland Saarlandpokal 1. FC Saarbrücken (RL) SC Halberg Brebach 3 (OL) 5:3
Sachsen Sachsenpokal FC Erzgebirge Aue (RL) VfB Leipzig (RL) 2:2 n. V., 5:4 i. E.
Sachsen-Anhalt Sachsen-Anhalt-Pokal 1. FC Magdeburg II 4 (LL) VfL Halle 1896 (RL) 3:2
Schleswig-Holstein SHFV-Pokal VfB Lübeck (RL) Flensburg 08 (VL) 6:0
Südbaden Peterstaler-Pokal FC Teningen (VL) FC Emmendingen (VL) 4:1 n. V.
Südwest Südwestpokal TSG Pfeddersheim (OL) 1. FC Kaiserslautern (Amateure) (RL) 2:2 n. V., 4:2 i. E.
Thüringen TFV-Pokal FC Rot-Weiß Erfurt (RL) SSV Erfurt-Nord (LL) 3:1
Westfalen Kronen-Pilsener-Pokal SC Paderborn 07 (RL) SG Wattenscheid 09 (RL) 1:0
Württemberg WFV-Pokal VfB Stuttgart (Amateure) (RL) SSV Ulm 1846 (Amateure) (LL) 3:1
1 
Aus dem Landesverband mit den meisten Herrenmannschaften im Spielbetrieb (Bayern) nahm zusätzlich der unterlegene Pokalfinalist teil.
2 
In Niedersachsen gab es statt einer Verlängerung sofort nach Ablauf der regulären Spielzeit Elfmeterschießen.
3 
Durch den Aufstieg des 1. FC Saarbrückens in die 2. Bundesliga rückte der SC Halberg Brebach als Teilnehmer für den DFB-Pokal nach.
4 
Die 1. Mannschaft des 1. FC Magdeburgs nahm an der DFB-Pokal-Endrunde teil.